Fyret ligger i Lyngværfjorden, 4 km vest av Gossa i Sandøy kommune. Flatflesa fyr ble tent den 20. september 1902. Dette fyret skulle bedre innseilinga gjennom Kråksund, som ofte ble benytta av fiskefartøy.

Etableringa var også sterkt anbefalt av fiskeriinspektørenee i Romsdal og Trøndelag distrikt. Fyr bygningen ble bygd i tømmer. Ett 4. ordens fyrapperat ble plassert i en sylinderforma tårnlykt på bustaden. Urverket på klippapperatet måtte trekkes opp kvar tredje time.

Svingkran
Det vart også sett opp eit uthus og eit naust med opptrekkspill, samt landingskar med svingkran. Den fyrste beteninga besto av ein fyrvaktar med eit hushald. Frå 1933 blei det også tilsett ein reserveassistent med 6 månaders teneste årleg.

Høgare fyr
Fyret vart bygd på i 1936 etter at det var kome inn klagar om for lavt fyrlys. Et høgt tårn av vinkeljern med trappegang i rør kom på plass. Lyshøgda auka dermed med heile 9 meter.

Angripen
Både i 1944 og 1945 blei fyret angripen av allierte fly og sterkt skada. I 1948 installerte ein eit 3. ordens fyrapparat. Det vil seie ein lysstyrke på 30 800 candela. Elektrisk strøm frå egne aggregat blei installert i 1961. Etter krigen besto beteninga av fyrvaktar, ein fyrbetent og ein reserveassistent. Fyret er i dag avfolka og automatisert.